Nurul Fajarini
54409402
4IA23
Bioinformatika??
Sistem biologi adalah sekelompok organ yang bekerja sama untuk melakukan tugas tertentu.Sistem komputer adalah elemen-elemen yang
terkait untuk menjalankan suatu aktivitas dengan menggunakan komputer. jadi Bioinformatika merupakan
ilmu terapan yang lahir dari perkembangan teknologi informasi dibidang
molekular. Pembahasan dibidang bioinformatik ini tidak terlepas dari
perkembangan biologi molekular modern, salah satunya peningkatan pemahaman
manusia dalam bidang genomic yang terdapat dalam molekul DNA .
Sejarah
Kemajuan teknik biologi molekular dalam mengungkap sekuens biologis dari
protein (sejak awal 1950-an) dan asam nukleat (sejak 1960-an) mengawali perkembangan basis
data dan teknik analisis sekuens biologis. Basis data sekuens protein mulai
dikembangkan pada tahun 1960-an di Amerika Serikat, sementara basis data sekuens DNA dikembangkan
pada akhir 1970-an di Amerika Serikat danJerman (pada European
Molecular Biology Laboratory, Laboratorium Biologi Molekular Eropa).
Penemuan teknik sekuensing DNA yang lebih cepat pada
pertengahan 1970-an menjadi landasan terjadinya ledakan jumlah sekuens DNA yang
berhasil diungkapkan pada 1980-an dan 1990-an, menjadi salah satu pembuka jalan bagi proyek-proyek
pengungkapan genom, meningkatkan kebutuhan akan pengelolaan dan analisis
sekuens, dan pada akhirnya menyebabkan lahirnya bioinformatika.
Perkembangan Internet juga mendukung berkembangnya bioinformatika.
Basis data bioinformatika yang terhubung melalui Internet memudahkan ilmuwan
mengumpulkan hasil sekuensing ke dalam basis data tersebut maupun memperoleh
sekuens biologis sebagai bahan analisis. Selain itu, penyebaran program-program aplikasi bioinformatika melalui Internet
memudahkan ilmuwan mengakses program-program tersebut dan kemudian memudahkan
pengembangannya.
Contoh Bidang
Pada Bidang Bioinformatika mencakup penerapan
metode-metode matematika, statistika, dan informatika untuk
memecahkan masalah-masalah biologis, terutama dengan menggunakan sekuens DNA dan asam aminoserta informasi
yang berkaitan dengannya. Kemampuan untuk memahami
dan memanipulasi kode genetik DNA ini sangat didukung oleh teknologi
informasi melalui perkembangan hardware dan soffware. Baik pihak pabrikan
sofware dan harware maupun pihak ketiga dalam produksi perangkat lunak.
Salah satu contohnya dapat
dilihat pada upaya Celera Genomics, perusahaan bioteknologi Amerika Serikat
yang melakukan pembacaan sekuen genom manusia yang secara maksimal memanfaatkan
teknologi informasi sehingga bisa melakukan pekerjaannya dalam waktu yang
singkat. Contoh
bioinformatika dalam bidang meliputi basis data untuk
mengelola informasi biologis, penyejajaran sekuens (sequence alignment),
prediksi struktur untuk meramalkan bentuk struktur protein maupun
struktur sekunder RNA, analisisfilogenetik, dan
analisis ekspresi gen.
Penerapan utama pada bioinformatika
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)
merupakan perkakas bioinformatika yang berkaitan erat dengan penggunaan basis
data sekuens biologis. Penelusuran BLAST (BLAST search) pada basis data
sekuens memungkinkan ilmuwan untuk mencari sekuens asam nukleat maupun protein
yang mirip dengan sekuens tertentu yang dimilikinya. Hal ini berguna misalnya
untuk menemukan gensejenis pada beberapa organisme atau untuk memeriksa keabsahan hasil sekuensing maupun untuk memeriksa fungsi gen
hasil sekuensing. Algoritma yang mendasari kerja BLAST adalah
penyejajaran sekuens.
PDB (Protein Data Bank, Bank Data
Protein) adalah basis data tunggal yang menyimpan model struktural tiga dimensi protein danasam nukleat hasil penentuan eksperimental (dengan kristalografi sinar-X, spektroskopi NMR dan mikroskopi elektron). PDB menyimpan data
struktur sebagai koordinat tiga dimensi yang menggambarkan posisi atom-atom dalam
referensi :
